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Text File  |  1995-03-04  |  2.7 KB  |  56 lines
  1. **********************************************************
  2. * Bacterial type II secretion system protein D signature *
  3. **********************************************************
  4.  
  5. A number  of  bacterial  proteins,  some  of  which  are involved in a general
  6. secretion pathway  (GSP) for the export  of  proteins (also called the type II
  7. pathway) [1 to 5], have been found to be evolutionary related.  These proteins
  8. are listed below:
  9.  
  10.  - The  'D'  protein from the GSP operon of: Aeromonas hydrophila (gene exeD);
  11.    Erwinia chrysanthemi  and  carotovora  (gene  outD);  Klebsiella pneumoniae
  12.    (gene pulD); Pseudomonas aeruginosa (gene xcpQ), and Xanthomonas campestris
  13.    (gene xpsD).
  14.  - Haemophilus influenzae orfE in a gene locus involved in transformation (DNA
  15.    uptake).
  16.  - pilQ from Pseudomonas aeruginosa,  which  is essential for the formation of
  17.    the pili.
  18.  - hopQ from Escherichia coli.
  19.  - hrpH  from  Pseudomonas  syringae,  which is involved in the secretion of a
  20.    proteinaceous elicitor of the hypersensitivity response in plants.
  21.  - hrpA1  from  Xanthomonas campestris pv. vesicatoria, which is also involved
  22.    in the hypersensitivity response.
  23.  - mxiD  from  Shigella flexneri which is involved in the secretion of the Ipa
  24.    invasins  which  are  necessary  for  penetration  of intestinal epithelial
  25.    cells.
  26.  - omc from Neisseria gonorrhoeae.
  27.  - yssC from Yersinia enterocolitica virulence plasmid pYV,  which seems to be
  28.    required for the export of the Yop virulence proteins.
  29.  - The  gpIV  protein from filamentous phages such as f1, ike, or m13. GpIV is
  30.    said to be involved in phage assembly and morphogenesis.
  31.  
  32. These proteins all seem to start with a signal  sequence and are thought to be
  33. integral proteins in the outer membrane.  As a signature pattern we selected a
  34. conserved region in the C-terminal section of these proteins.
  35.  
  36. -Consensus pattern: [GR]-[DEQKG]-[STV]-[LIVMA](3)-[GA]-G-[LIVMFY]-x(11)-
  37.                     [LIVM]-P-[LIVMFYWGS]-[LIVMF]-[GSAE]-x-[LIVM]-P-
  38.                     [LIVMFYW](2)-x(2)-[LV]-F
  39. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  40.  for hrpH and omc.
  41. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  42. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  43.  
  44. [ 1] Salmond G.P.C., Reeves P.J.
  45.      Trends Biochem. Sci. 18:7-12(1993).
  46. [ 2] Reeves P.J., Whitcombe D., Wharam S., Gibson M., Allison G., Bunce N.,
  47.      Barallon R., Douglas P., Mulholland V., Stevens S., Walker S.,
  48.      Salmond G.P.C.
  49.      Mol. Microbiol. 8:443-456(1993).
  50. [ 3] Martin P.R., Hobbs M., Free P.D., Jeske Y., Mattick J.S.
  51.      Mol. Microbiol. 9:857-868(1993).
  52. [ 4] Hobbs M., Mattick J.S.
  53.      Mol. Microbiol. 10:233-243(1993).
  54. [ 5] Genin S., Boucher C.A.
  55.      Mol. Gen. Genet. 243:112-118(1994).
  56.